БА-64Е — бронетранспортёр (обозначавшийся как «десантный бронеавтомобиль») на базе БА-64. Работы по БА-64Е начались на ГАЗе ещё в сентябре 1942 года и были вызваны нехваткой в советской армии бронетранспортёров. Хотя с самого начала было очевидно, что БА-64 с его узким и тесным корпусом мало подходит для такой роли, он был единственной колёсной бронемашиной, серийно производившейся в то время. Из-за загрузки конструкторского бюро работами по доработке бронеавтомобиля, работы по бронетранспортёру были вскоре отложены и возобновились только весной 1943 года. Первый прототип БА-64Е, всё ещё на базе узкоколейного БА-64, был собран 3 марта и имел на месте боевого отделения открытое сверху десантное, пехотинцы в котором располагались на двух скамьях спиной к бортам. Посадка и высадка десантников производились через дверь в корме, а борта десантного отделения были наращены приваркой дополнительных листов, защищавших бойцов при ведении огня поверх них. Вооружение машины составлял всё тот же пулемёт ДТ-29, но размещённый на турели над отделением управления. Испытания прототипа, как и ожидалось, показали его тесноту и затруднительность быстрого входа и выхода из неё, важных для десантников[25].
Работы по бронетранспортёру, тем не менее, продолжились, и 3 апреля был собран второй прототип, на этот раз уже на ширококолейном шасси БА-64Б. Помимо этого, от первого варианта его отличало отсутствие пулемёта, сочтённого ненужным и наращивания бортов, вместо которого добавили два закрывавшихся крышками оружейных порта в бортах десантного отделения. Работы по машине имели невысокий приоритет и в условиях загруженности конструкторского бюро более важными мероприятиями продвигались медленно, но, тем не менее, к концу 1943 года были построены три прототипа, направленные на войсковые испытания. Продолжавшиеся с февраля по март 1944 года испытания дали отрицательный результат и принятие БА-64Е на вооружение было не рекомендовано, хотя были даны и рекомендации для дальнейшего развития его конструкции. Доработка бронетранспортёра продолжалась до конца года, но на вооружение он принят так и не был[28]. Всего было изготовлено, по разным данным, от восьми[29] до одиннадцати[28] БА-64Е. По рекомендации маршала Я. Н. Федоренко на базе БА-64Е была разработана командно-штабная машина с установкой мощной радиостанции 12-РТМ. По одним данным, машине было присвоено обозначение БАШ-64 или БАШ-64Б[29], по другим же — официальным оно не было и использовалось лишь в литературе[28]. БАШ-64 получила положительную оценку командования, и рассматривался вопрос о запуске её в серийное производство, но ввиду приближавшегося конца войны и ненужности подобной компромиссной машины в условиях мирного времени, работы по ней в итоге тоже были прекращены[28].
Помимо неосуществлённых заводских проектов, переделка БА-64 осуществлялась и в частях, в основном к концу войны. При этом с повреждённых бронеавтомобилей срезались верхние листы корпуса, и устанавливалось любое подходящее ветровое стекло, в результате чего получалась полубронированная командирская машина на 1—2 пассажиров
